论文回看 Homogeneous selection dominates the microbial community assembly in the sediment of the Three Gorges Reservoir

文章简介

深水水库沉积物以其独特的水力条件和环境梯度,为参与生物地球化学循环的微生物提供了独特的生境。时间、空间、理化因子、地理距离、种间关系等多因素共同作用,影响深水水库沉积物中的微生物群落结构和功能。本文以三峡水库为例,探究了在不同季节、干支流沉积物中的微生物群落分布特征和多样性规律:通过精确序列变体(Exact Sequence Variants, ESVs)代替传统的操作分类单元(Operational Taxa Units, OTUs),更准确地进行多样性分析、距离-不相似度拟合、排序分析和共现网络分析,并引入生态学过程理论,阐明了库区底质微生物群落主要由同向选择过程主导,说明了环境距离对微生物群落的影响远大于地理距离,强调了种间互作在群落中的重要性。本研究为今后更深入地分析水库微生物群落提供了参考和范例。

回看感受

这篇论文是我发表的第一篇 SCI 论文,现在看来有很多值得改进的地方,也有一些感受想要分享。

首先,当时没有太多的知识储备,通过两次特殊区域的采样,把见过的分析都做了一遍,匆匆发表在了 Science of the Total Environment 上。虽然没有这个特殊区域其它相关研究参考,但生态学还没有入门,遑论讨论群落构建过程这一个大话题。所以在研究意义方面,没有很接地气,更像是一篇研究报告,呈现一个研究的结果。

其次,做这个研究的时候,我热衷学习各种分析手段,但没有更高一级,从微生物群落的整体角度考虑影响因素,只是继续沿用了生态学中的生物对环境响应的思路,然后再强调了一些种间关系对群落变化的影响,但并没有直接的研究,属于是外行不明觉厉、内行看来像幼儿园小朋友的状态。

第三,其实时间久远,不太记得具体的研究内容了,但对于有机会到三峡库区采样、和船长(大家称为「船老大」)、同行的其它课题组的老师、同学一起克服重重困难进行采样的经历,记忆却很深刻。人生可能也差不多吧,「经历是一种财富」——当时认为,发表论文、做研究很重要,但现在回想起来,大家熟悉一起为同一个目标共同努力的感觉给我的印象更为深刻。

如果用做饭打比方,这篇论文我感觉是一名初学者按照食谱一点点做出来的一道平平凡凡的菜,属于是无论谁家楼下餐厅都能做出来的。虽然现在这样看,但这篇文章当时也是给曾经的我更多的信心,让我继续走科研的道路了。

学到了什么?

做充足的准备。当时第一次采样,不知道要带什么不要带什么,就把能想到的都带上了,联系好了当地的气体公司,还是自己带了液氮罐。在见到那么大的罐子之后,才想到,可能会造成交通不便,于是草拟了一个证明文件,找到环境学院的行政办公室,盖上了红印章。如果没有提前准备液氮罐,到了之后,采集的样品也无法好好保存,就算耽误两天搞到罐子,运输途中也不会如此顺利。

多回忆多反思。现在想来,当时盖红章这么顺利的行政流程,绝不是当时自己努力跑几个办公室跑出来的,而是这个大项目学院领导都知道,项目和负责的老师的影响力带来的。这种事情,不回想是不会知道的,人情练达即文章。

好的方法会节省许多精力。样品采好后,我们从船上靠岸,但接样品的车没办法下到岸边:有一块大石头挡住路了,所以司机师傅就停在更高更远的地方等我们。带队老师要让我们把样品尽快运回去,哪怕一点点搬上去也得搬上去。我抱着试一试也不会耽误两分钟的想法,找来旁边的一根大腿粗、两人高的树桩,又找来一块小石头,在众人的协助下,一起将石头移动了一米左右,让车顺利通行。最后还合影留念了。

论文题目起成最重要的研究结论,有利于搜索和被引用。这篇文章被引次数多,既有时间久远的原因,也有题目便于搜索、利于当作论据的原因。信息越来越多的时候,多为读者阅读节省时间和精力,读者自然也会对论文加深印象。

Fig. 征服拦路石的合影

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